U osób z celiakią mikrobiota jelitowa odgrywa istotną rolę, jednak jej związek z chorobą jest złożony. Badania wskazują, że u pacjentów z celiakią często występuje dysbioza, czyli zaburzenie równowagi mikrobiologicznej charakteryzujące się mniejszą różnorodnością drobnoustrojów, zmniejszoną liczebnością niektórych bakterii uznawanych za korzystne oraz zwiększoną obecnością mikroorganizmów potencjalnie sprzyjających stanowi zapalnemu.
Nie wiadomo jednak jednoznacznie, czy dysbioza jest przyczyną rozwoju celiakii, czy raczej konsekwencją przewlekłego stanu zapalnego i uszkodzenia błony śluzowej jelita cienkiego. Najprawdopodobniej oba mechanizmy wzajemnie na siebie oddziałują. Zaburzenia mikrobioty mogą wpływać na funkcjonowanie bariery jelitowej oraz odpowiedź immunologiczną organizmu, natomiast aktywna celiakia dodatkowo zmienia środowisko jelitowe i skład mikrobioty.
Obecnie podstawą leczenia celiakii pozostaje ścisła, dożywotnia dieta bezglutenowa. Utrzymanie zróżnicowanej mikrobioty może korzystnie wpływać na funkcjonowanie jelit, choć mechanizmy tego działania są nadal intensywnie badane.


