Jeśli celiakia zostanie wykluczona, a objawy nadal pojawiają się po spożyciu produktów zbożowych, warto rozważyć inne możliwe przyczyny. Mogą to być alergia na pszenicę, nadwrażliwość na gluten lub pszenicę, nietolerancje węglowodanów, takie jak nietolerancja laktozy lub fruktozy, a także zespół jelita drażliwego. Prawidłowa diagnostyka jest ważna, ponieważ zalecenia dietetyczne różnią się w zależności od rozpoznania. W celiakii konieczna jest ścisła eliminacja glutenu, natomiast w nadwrażliwości czasem wystarczy ograniczenie produktów wywołujących objawy.